水溶性肥料不但种类多样而且施用方法灵活，一般有三种方式。

滴灌、喷灌和无土栽培

在一些极度缺水地区、规模化种植的大农场以及在高品质高附加值经济作物上，人们往往用滴灌、喷灌和无土栽培技术来节约灌溉水并提高劳动生产效率。在灌溉的时候，肥料已经溶解在水中，浇水的同时也是施肥的过程，即水肥一体化。这时植物所需要的营养可以通过水溶性肥料来获得，既节约了用水，节省了肥料，又提高了劳动效率。

土壤浇灌

通过土壤浇水或者灌溉的时候，先行混合在灌溉水中，这样可以让植物根部全面地接触到肥料，通过根的呼吸作用把化学营养元素运输到植株的各个组织中。

叶面施肥

把水溶性肥料先行稀释溶解于水中进行叶面喷施，或者与非碱性农药一起溶于水中进行叶面喷施，通过叶面气孔进入植株内部。对于一些幼嫩的植物或者根系不太好的作物出现缺素症状时是一个纠正缺素症的选择，极大地提高了肥料吸收利用效率，节约地植物营养元素在植物内部的运输过程。